Partirei dicendo che non è sempre possibile scegliere la modalità da adottare.
Devi verificare con il tuo ISP quali modalità ti offre.
In generale PPPoE è un concetto obsoleto e dispendioso in termini di risorse ( su connettività da 2.5G inizia a sentirsi in modo evidente il problema ).
Viene creata una connessione Point to Point ( PPP ) che incapsula il traffico. Questo processo di incapsulazione è dispendioso in termini di risorse e richiede una certa capacità computazionale ( oppure offload hardware ).
In questa modalità è più semplice per l' ISP riconoscere il cliente e il corretto funzionamento della connettività: basta fornire un set di credenziali specifico per ogni cliente e monitorare se la sessione PPPoE è attiva.
IPoE è invece un concetto più "leggero" dove ottieni via DHCP il tuo indirizzo dall' ISP.
Non c'è incaspulazione (dunque un layer in meno), il traffico viene trasportato così com'è, c'è meno overhead.
E' più complicato riconoscere il cliente e capire se la connettività è correttamente funzionante.
