un dettaglio tecnico che rende differente i due é che su IPoE hai a disposizione un link con MTU massimo di 1500Byte, mentre con PPPoE l'MTU del link é ridotto di 8 byte solitamente (quindi MTU 1492Byte).
Diciamo che in termini di prestazioni (nello specifico sulla velocitá di trasferimento) ne risenti un po', ma nulla di realmente importante.
Detto questo, avere l'MTU massimo rende il tutto piú pulito, quindi se puoi scegliere, ti direi di optare per IPoE.
Nel mio caso NavigaBene mi offre IPoE e lo uso.