Come ti hanno già consigliato puoi usare il Veeam Agent.
Ancora meglio sarebbe usare nfs come protocollo di connessione, di modo che nessuno a parte gli IP elencati abbiano accesso al repository.
Vorpal97 bare metal sarebbe "l'ossatura" del backup? cioè il punto di partenza per ripristinare la macchina fisica sulla quale poi andare ad aggiungere i vari file che consentono di ricostruire tutto il resto?
La comodità di questo passaggio è che puoi inserire direttamente in automatico tutti i driver necessari al funzionamento ed eventualmente puoi usare la funzione per ripristinare su VM una macchina fisica che si è sfaciata.
Ovviamente il Veeam agent è solo un pezzo di quello che offre Veeam e andrebbe per lo più usato e gestito tramite Backup & Replication, ma può esistere anche come elemento singolo.
PS: non usare il backup integrato di Windows Server, per carità