Ok, ho fatto un po' di prove. Gli errori sono saltuari e dal log sono del tipo:
"00000000.ts' traccia 1: Questa traccia audio contiene 364 byte di dati non validi che sono stati ignorati prima del timestamp 00:00:00.024000000. La sincronizzazione audio/video potrebbe essere stata persa.".
Con il decoder Vodafone sono centinaia, con l'altro variano da 0 a 10. Quindi importando i TS con MKVToolnix, salvando in un unico mkv e poi editando il file con Avidemux il problema diventa accettabile.
Questi problemi li avevo anche con il DVBT1, ma una passata di ProjectX "riallineava" audio e video che poi ricodificavo in xvid. Il vantaggio del DVBT2 è che H264 è perfetto per copia diretta senza dover ricodificare.
Conosco FFmpeg Batch AV Converter, è un buon programma ma mi crasha sempre e non risolve il problema.