Non sei l'unico ad avere problemi con IVR e Wind3.
Prova a dare la priorità a PCMA invece di G729. Se i toni sono inviati direttamente come suoni G729 comprime ed elimina troppe frequenze e può renderli non intellegibili lato IVR. G711A (PCMA) ha un bit rate ben maggiore, e trasmette i suoni con più precisione. Disabilita la soppressione del silenzio, anche per G729.
Tra le impostazioni del VoIP, cerca anche l'impostazione per l'invio dei toni. Le specifiche Wind richiederebbero "RFC 2833 / RFC 4733", cioè i toni inviati come specifici messaggi RTP. Come si chiami questa opzione per i vari modelli di router/ATA dipende.