Secondo me una cosa del genere non dovrebbe proprio funzionare di base, se funziona in un piccolo intervallo di tempo è solo perché è rimasta ancora nella tabella ARP del router l'associazione IP <-> MAC.
Generalmente i pacchetti WoL sono broadcast, ovvero inviati a tutti i dispositivi della rete. Un pacchetto che arriva dall'esterno all'interfaccia WAN del router per impostazione predefinita non viene convertito in pacchetto broadcast sulla rete locale. Solo SE esiste una regola di forwading verso un IP interno e SE esiste ancora un'associazione ARP tra quell'IP interno e il suo MAC il pacchetto WoL potrebbe essere inviato all'interfaccia del pc da accendere come pacchetto unicast, e quindi funzionare.
Se il router supporta delle tabelle ARP statiche potrebbe essere un modo (non proprio il massimo) di far funzionare sempre la cosa. Ma una VPN a livello 2 o un altro server interno che faccia da relay de pacchetti WoL forse sono soluzioni migliori.